Las aguas suroccidentales se concentran en el río Lácara que nace al sur de la Peña del Buitre, y en el Aljucén. A este último van a parar los arroyos de las zonas orientales de la Sierra de Alcuéscar. Vierten finalmente al Guadiana.
Las aguas que van al Tajo se reúnen en el río Ayuela o el Salor. Al primero vierten las aguas de la Charca de la Patoja o del Cura. Al Salor vierten las aguas originadas en la Sierra de Montánchez, después de reunirse los arroyos y regatos en el río Moro.
Los arroyos citados son todos de muy escaso caudal y suelen secarse a comienzos del verano y permanecen en estiaje hasta noviembre. No obstante, a lo largo de los cauces de los principales riachuelos se mantiene un rosario de encharcados y tablas que casi siempre cubren las necesidades ganaderas y algunos regadíos.
También en determinados parajes se ha construido pequeños embalses, charcas o albuheras donde en muchas ocasiones dura el agua todo el año. Esto sucede con la charca de la Patoja o del Cura, que tiene su vaso en terreno granítico y la cerrada en un estrechamiento de las pizarras metamorfizadas del cambriano. Tales construcciones probablemente tienen ascendencia romana. La dirección GPS de la charca del Cura es 39.20032 N / 6.23677 O .
Las aguas de la Patoja, debido al desnivel existente entre la plataforma granítica y los campos de pizarra, son aprovechadas mediante saltos para los rústicos y antiguos molinos que servían para moler el grano de harinas y piensos para el ganado del pueblo y comarca. Y como ya se ha dicho las aguas se aprovechaban para el regadío del valle de Chamorro igual que hoy se sigue haciendo.
Creemos que la charca de la Patoja se llama también del Cura porque encontrándose casi en ruinas en la segunda mitad del siglo XIX coincidiendo con años de sequía y hambre, el cura del pueblo tuvo la feliz idea de repararla pagando a los trabajadores con alimentos. También creemos que el dicho que le hemos oído a nuestros abuelos de que las piedras de la barranca están pegadas con clara de huevo podría ser debido a que el cura diera de comer tantos huevos a los trabajadores que sacaran esa coletilla al hecho.
Más cercana a la villa, aprovechando la vertiente del Calvario y Centinela, se encuentra la Charca de la Albuera - o Albuhera - , de menor extensión pero de mayor utilidad si cabe, por su cercanía al pueblo ya que se emplea en las necesidades ganaderas y uso doméstico. Los expertos creen que su construcción es romana.
No hay aquí grandes manantiales de agua y por eso abundan tanto los pozos en casas y cortijos para abastecer el gasto de la gente como del ganado y no en pocas ocasiones para regar los huertos.
Los manantiales que abastecen Alcuéscar son los que brotan del conjunto de cuarcitas y conglomerados con el pizarroso inferior cambriano: Fuente del Castaño, de la Orden, Pozo Granado, Fuente del Rubio y más tarde los pozos del Cardar, los Hornos, Pozo Pocito, Fuente Nueva y Fuente de los Bueyes. Todos estos manantiales son - unos más que otros - de pobre caudal, si bien algunos permanecen todo el verano abasteciendo a la villa aunque fuera pobremente.
En nuestros campos tenemos numerosas fuentes, todas adolecen de no ser caudalosas, pero mantienen de agua a huertos y pequeñas vegas de regadío
- Fuente Clavín, cercana al puerto de su mismo nombre.
- Manantial de Palomares, cerca a la casa de este nombre en la sierra de San Pedro.
- Fuente de la casa de las Paredes, situada en la zona baja del puerto de San Blas.
- Manantial del puerto de la Mezquita.
- Manantial herrumbroso bajo el puerto del Moro.
- Fuentes de Marina y Zauzar, cercana a la Peña del Buitre.
- Pozo del Parador del Campillo, en el Km. 22 de la carretera de Cáceres a Badajoz.
- Manantial de Martín-Laguna, que cría unas hortaliza riquísimas.
- Manantial del Trampal, que en su día era muy abundante, servía al Pantano de Proserpina, más tarde movió un molino harinero y regó la vega de su nombre y con el tiempo abasteció a Alcuéscar de una magnífica agua.
En los campos graníticos aparecen los manantiales siguientes:
- Turruntunsal, en el Km. 7,7 de la carretera de la Herrería a Montánchez.
- Ovejeras, a la derecha del camino de Alcuéscar a Albalá.
- Del Lobo y de las Palomas, en la dehesa de la Higuera
En la dehesa de la Higuera hubo unas minas de fosforita que se cerraron por ser un filón pobre y por la cantidad de agua que manaban sus galerías; esto ocurría a comienzos del siglo XX, cuando no tuvieron medios para bombear el agua que manaba y aprovecharla para regadíos por lo que la taparon con piedras.
La casa cultural de Alcuéscar envió en 1.997 un escrito a la Biblioteca de Cáceres pidiendo la fecha de las fuentes públicas de Alcuéscar y contestaron, con una nota muy escueta, que según los conocimientos que ellos tenían eran del año 1.800. suponemos que antes de esa fecha tanto la Fuente de las Burras (Fuente Nueva), fuente de los Bueyes, como las que están dentro del pueblo, serían manantiales con una cierta estructura árabe y que la construcción tal y como la conocemos es de la fecha indicada. Al parecer fueron construidas siendo alcalde D. Marcelino Jiménez Gamonales que fue uno de los alcaldes que más hizo por el pueblo, incluido el cementerio nuevo y la plaza de toros.
Algunos de estos datos han llegado a nosotros por gentileza de D. Antonio Vélez, ex-alcalde de Mérida.