Son muchas las hipótesis en torno al origen del nombre de Alcuéscar y muy poca la certeza en todas ellas. Un magnífico trabajo toponímico de don Jesús Meneses analiza muchas de las posibilidades de la andadura histórica del nombre del pueblo, todas muy razonadas pero ninguna puede afirmarse con rotundidad. El señor Meneses hace una deducción tomada de algunos historiadores extremeños como Moreno de Vargas autor de la Historia de Mérida escrita hacia el 1600, donde decía: Alcuéscar está a cuatro leguas de Mérida, fue fundada por los moros y que por estar en una cuesta le pusieron de nombre "Alcuéstar ", de ahí derivó en Alcuesca y más tarde en Alcuéscar, que así aparece de las dos formas escrito.

El ya citado obispo don Tirso Lozano Rubio, autor de la Historia de Montánchez y natural de la citada villa , al referirse al pueblo dice:

Le pusieron de nombre Alcuéscar porque la habitaron moros procedentes de Güescar, lugar de Andalucía que era del Duque de Alba.

No da más explicaciones. Los árabes agregarían su artículo al y quedaría Alquescar que es como se encuentra escrito en los antiguos libros de la iglesia. La hipótesis nos parece lógica ya que todo conquistador quiere dejar huella de su presencia por donde pasa. En la expansión que hicieron los árabes para la conquista de Mérida dejaron por sus alrededores huella de su procedencia: si de Córdoba, Cordobilla. si de Carmona, Carmonita, ¿ por qué no de Güescar (Huescar), Alcuéscar ?

Nadie sabe con certeza el origen del nombre de Alcuéscar; todo lo que puede hacerse es buscar el indicio más verosímil. Si preguntamos a los viejos del pueblo nos dirán que se llamó Altacuesta y muchos afirman que se lo puso la reina Isabel la Católica cuando pasó por aquí a poner orden en las muchas desavenencias que había entre los nobles de la comarca. Es de suponer que la reina, subiendo por las calles del Pocito - ya que en ese tiempo no había más que el casco antiguo y el Pocito - hiciese referencia a su pronunciada pendiente. Pero eso es sin duda una leyenda ya que el nombre Alquesca aparece con anterioridad a los Reyes Católicos.

Don Leocadio, en su libro Alcuéscar, ésta es tu Historia, al referirse al nombre del pueblo escribe:

En todos los libros de la parroquia le hallo escrito de esta manera: Alquesca. Según algunos este pueblo fue fundado por los moros, y por estar situado en una cuesta, ellos le dieron el nombre de " Alcuestar ", de donde derivó el de Alcuesca o Alcuéscar que hoy tiene. Moreno Vargas, autor de la Historia de Mérida, que acabo de leer entiende que estuvo poblado este lugar por moros de Güescar, lugar de Andalucía hasta hace poco posesión del Duque de Alba y que ellos, añadiéndole su prefijo 'al', le dieron el nombre que actualmente se le conoce.

Otros en cambio, consideran este nombre originado de 'Alquercus' (en latín, encina), por las muchas que había y hay en este lugar.

Muchas veces es difícil dar con el origen de los topónimos. Por ejemplo el nombre del barrio del Pocito se podría pensar que viene de pozo. Pues no es así. Viene de pósitos, ahí estaban los depósitos de granos, aceites y todo lo necesario para la supervivencia del pueblo. Por eso se le llamó el Pósito, derivando con el tiempo en Pocito. En cambio el nombre de la barriada del Pozanco sí se debe a un pozo que había a la parte alta de la plazoleta. Yo lo llegué a ver y debió cerrarse alrededor de 1933. No está ciego sino tapado con vigas, al igual que el pozo Granado que se cerró mucho después para hacer la parada de autobuses de la calle Real.

El nombre de la parte más alta - el Altozano - es un término bastante generalizado en las ciudades y pueblos de España y simplemente indica que se encuentra en alto.

La barriada de los Mártires se llama así por la ermita de ese mismo nombre que se encontraba a la salida del pueblo. No debía ser muy grande pero era dueña de toda esa parte de olivares y huertas. Cuando desapareció la ermita hicieron el cementerio viejo.

La Fora y el Caleñar fueron solares en los que tiempo atrás se cedió terreno a los pobres para que hicieran sus casas. El nombre de la Fora se debe a que los señores daban el terreno a los pobres para que se fueran a vivir a las afueras (aforas) del pueblo, derivando en La Fora. El Caleñar se llama así porque unos metros más arriba de donde hoy termina el pueblo había una mina de cal, caleño, del usado para blanquear paredes y así quedaría el Caleñar.

La fuente del Castaño estaba en un campo de castaños y se dice que para hacer la fuente hubo que arrancar un hermosísimo ejemplar.

La fuente de la Orden se llama así porque estaba dentro de la finca propiedad de la Orden de Santiago, que se llamaba Huerta de la Orden y así la fuente sería Fuente de la Orden.